Chris Cunningham, vidéaste plasticien et spécialiste en effets spéciaux eut une longue période de fructueuse collaboration avec Aphex Twin. Elle commence en 1997 avec le Clip de Come To Daddy et sera illustrée de 5 autres clips et vidéos.
Cunningham concrétise l'univers d'Aphex Twin dans un style d'images bleutées et sordides. Dans Come to Daddy (1997), il met en scène des nains couverts d'un masque en latex à l'effigie de James. La musique relève quasiment du son d'ambiance sur la première partie, avec des sons brefs discordants sur un fond de voix humaines remastérisées. Les images de la grand-mère et l'arrivée des enfants sont traités distinctement, la première au ralentis, en contre-plongée et les seconds en accéléré et la caméra très proche des corps. Oppressant. Évidemment cela crée une tension rendue insupportable par la voix un peu trash : « Come to daddyyyyy ! ». Efficace au niveau cauchemardesque ! Il faut dire que Chris se faisait poursuivre par des enfants plus jeunes que lui quand il était petit.
Dans Window Licker (1999), Aphex Twin et Chris Cunningham se livrent à une destruction en règle des codes visuel du rap américain de l'époque (encore actuels malheureusement). AFX a utilisé subtilement des sons tirés de films pornographiques dans la compositions sonore. L'introduction est parsemée d'un langage étudié comportant beaucoup de « fuck », « nigga » et dont on ne distingue presque rien d'autre. Des femmes canons, des belles voitures, de la danse... Et tout qui se désagrège, se transforme et s’enlaidit, à commencer par la voiture des deux personnages du début puis les visages des femmes, leur sexe... Un souhait de destruction du showbiz ?
En dehors de l'idée de faire un clip, James et Chris ont collaboré sur une vidéo qui vaut le détour au niveau glauquitude. Rubber Johnny (2005) est une réalisation à base d'effets spéciaux. Nous voyons au rayon X un enfant au crâne hypertrophié. L'immersion dans cet univers particulier se fait très lentement, on ne distingue d'abord pas grand chose, une voix s'adresse à ce qui ressemble à une échographie, le contraste avec la rapidité de la suite va être frappant. Mine de rien, ce procédé attise la curiosité du spectateur, même si celui-ci se doute que la suite sera bizarre, VRAIMENT bizarre ! Cunningham a pensé ses plans puis les a monté selon une composition d'Aphex Twin (AFX 237 v.7), bande-son et son d'ambiance se fondent et se font écho. Ce projet aura mit 4 ans avant d'être terminé.
Chris Cunningham à également travaillé avec : Björk (All is Full of Love) où l'on voit deux robots avec les traits de la chanteuses entrain d'être assemblés. Il fait de l'organique avec du mécanique à l'aide de très gros plans sur la matière et des ralentis à portée esthétique. Placebo (36 Degrees) où les musiciens font leur performance sous l'eau.
Chris Cunningham semble avoir une vison des corps assez singulière. Sa capacité à jouer avec eux, en faire quelque chose de plastique et de maléable place sa collaboration avec Aphex Twin comme limpide. La musique de ce dernier entre parfaitement en raisonnance avec cette vision car elle a cette capacité à dépasser les formes musicales pré-établies, pour arriver à quelque chose de plus complexe et immatériel.